Công ty Cổ phần Vận tải và Chế biến than Đông Bắc, trước đây là Xí nghiệp Chế biến Kinh doanh Than được thành lập ngày 28 tháng 12 năm 1995 theo quyết định số 394/QĐ-ĐB của Giám đốc Công ty Đông Bắc (nay là Tổng công ty Đông Bắc) theo uỷ quyền của Bộ trưởng Bộ Quốc phòng đến tháng 9 năm 2006 theo quyết định số 151/2006/QĐ-BQP của Bộ trưởng Bộ Quốc phòng, Xí nghiệp Chế biến Kinh doanh Than chuyển thành Công ty Chế biến và Kinh doanh Than. Tháng 5 năm 2012 Công ty Chế biến và Kinh doanh Than được chuyển đổi từ doanh nghiệp hạch toán phụ thuộc sang hoạt động theo mô hình Công ty TNHH MTV và được đổi tên thành Công ty TNHH MTV Vận tải và Chế biến than Đông Bắc theo Quyết định số 1409/QĐ-BQP của Bộ trưởng Bộ Quốc Phòng.
Với hai ngành nghề chính là chế biến các sản phẩm về than và dịch vụ vận tải đường thủy, Công ty cổ phần Vận tải và Chế biến than Đông Bắc khẳng định sẽ mang niềm tin đến với bạn hàng, đối tác, với xã hội. Giá trị “Niềm tin” là kim chỉ nam cho mọi hoạt động để trở thành một doanh nghiệp kinh doanh sáng tạo: Đoàn kết - Kỷ cương - Sáng tạo - An toàn - Quyết thắng.